В 1825 году командующий Черноморского флота адмирал А. С. Грейг подал прошение императору Александру I установить памятник на развалинах Херсонеса, в котором был крещён князь Владимир. В 1829 году был объявлен конкурс на создание памятника, был утверждён проект архитектора К. А. Тона (1794—1881).
В 1842, по ходатайству адмирала М. П. Лазарева, обеспокоенного недостаточным числом православных храмов в Севастополе, было принято решение о строительстве собора в центре города, а не на развалинах Херсонеса.
Работы начались в 1848 году. Через три года, в 1851, умер адмирал М. П. Лазарев, командующий Черноморского флота, и в память о его заслугах решено было похоронить его в специально сооружённом склепе на месте будущего собора. Закладка собора была произведена 15 июля 1854, и, к началу осады Севастополя успели возвести только его фундамент.
Во время Крымской войны в склепе будущего храма были захоронены адмиралы В. А. Корнилов, В. И. Истомин, П. С. Нахимов, погибшие на бастионах Севастополя.
30 августа (11 сентября) войска антироссийской коалиции вступили в Севастополь и надругались над могилами русских адмиралов М. П. Лазарева, В. А. Корнилова, П. С. Нахимова, В. И. Истомина.
Во время оккупации Севастополя склеп был осквернён: французские мародёры взломали стену, разбили крышки саркофагов и сорвали с мундиров адмиралов золотые эполеты. О чём свидетельствует составленный в 1858 году АКТ О ГЛУМЛЕНИИ АНГЛО-ФРАНЦУ3СКИХ 3АХВАТЧИКОВ НАД МОГИЛАМИ РУССКИХ АДМИРАЛОВ М. П. ЛАЗАРЕВА, В. А. КОРНИЛОВА, П. С. НАХИМОВА И В. И. ИСТОМИНА.
Лишь в 1862 году, после Крымской войны, работы по возведению собора возобновились. Для этого пригласили известного архитектора, академика А. А. Авдеева (1818—1885). В 1881 году закончено сооружение нижней церкви, а в 1888 году, после смерти А. А. Авдеева завершено строительство верхней.
Таким образом на возведение храма потребовалось 63 года (с 1825 по 1888 гг.).
По мимо погребённых, на мемориальных досках, размещённых внутри собора, увековечены имена 57 флотских офицеров - героев Крымской (Восточной) войны, ставших кавалерами ордена св. Георгия, и 14 имён офицеров Российского флота, которые не стали Георгиевскими кавалерами, но до конца выполнили свой долг перед Отечеством.
Выжившие Герои обороны Севастополя, ставшие в последствии адмиралами, завещали похоронить себя во Владимирском Соборе. Позже были похоронены 3 командующих Черноморского флота, последний в 1920 году по разрешению Барона Врангеля.
После революции, в 1927 году была осуществлена вторая попытка надругательства над Усыпальницей, о чём свидетельствует ПИСЬМО НАЧАЛЬНИКА АДМИНИСТРАТИВНОГО ОТДЕЛА
В 1931 году, при передаче здания Осоавиахиму, склеп был вскрыт, останки адмиралов уничтожены. Во время Великой Отечественной войны храм серьёзно пострадал. В 1991 году специальная комиссия обследовала склеп, и обнаружила среди мусора лишь обломки костей, которые в 1992 году были торжественно перезахоронены.
8 мая 2014 года состоялся чин великого освящения собора во имя святого равноапостольного князя Владимира - усыпальницы российских адмиралов.
Именной список погребённых в Усыпальница Адмиралов во Владимирском соборе Севастополя:
1. Дефабр Иван Осипович 1827 - 01.10.1910 вице-адмирал
Начальника штаба и портов Чёрного и Каспийского морей, герой обороны Севастополя, после высадки неприятеля в Крыму и объявления Севастополя на осадном положении, с 13.09.1854 по 15.08.1855 года, лейтенантом 41-го флотского экипажа состоял в гарнизоне города, во время 2-й бомбардировки города 31.03.1855 командир бомбической батареи на 5-м бастионе. Был ранен осколком бомбы в голову, лечился на пароходе «Бессарабия», на этом же судне принял участие в отражении штурма неприятелем Корабельной стороны Севастополя 06.06.1855 года. В 1877 г. после начала русско-турецкой войны, капитан I ранга Дефабр имел брейд-вымпел начальника отряда судов, прикрывавших г. Очаков, а в августе-сентябре 1878 на корвете «Сокол» участвовал во взятии г. Батуми. В январе 1886 занял должность начальника штаба и портов Чёрного и Каспийского морей, с 1901 по 1910 года являлся церковным старостой собора святого Владимира в г. Севастополе где и был похоронен, с левой стороны храма.
2. Диков Иван Михайлович 26.06.1833 - 30.09.1914 адмирал, генерал-адъютант
Георгиевский кавалер, Морской министр, герой обороны Севастополя, с 9 сентября по 6 октября 1855 года находился в составе Севастопольского гарнизона, участвуя в действиях против англо-французских агрессоров. В чине капитан-лейтенанта принимал участие в Русско-турецкой войне, кампании 1877-1878 годов, командуя флотилией, которой поручено было открыть наступательные действия к Сулину. Пройдя 28 июля 1877 года из Одессы в Килийский рукав Дуная с пароходом «Опыт», двумя шхунами, двумя плавучими батареями (баржами) и четвёркой минных катеров, блестяще выполнил данное ему ответственное поручение.В 1881-1885 годах командовал учебным Черноморским минным отрядом, а в 1885-1887 годах фрегатом «Дмитрий Донской». В 1888 году был произведён в контр-адмиралы, в 1894 году в вице-адмиралы и в 1905 в полные адмиралы. Пост Морского министра занимал всего 2 года, но успел на этом посту провести ряд важных мероприятий. Жил и умер в Санкт-Петербурге. Последний из участников обороны Севастополя 1854-1855 годов, похороненный по завещанию в соборе Св. Владимира, с левой стороны храма.
3. Истомин Владимир Иванович 09.02.1810 - 07.03.1855 контр-адмирал
Георгиевский кавалер, герой Севастопольской обороны. На линейном корабле «Азов», в составе эскадры вице-адмирала Гейдена, совершил поход из Кронштадта в Портсмут, а затем к берегам Греции, где участвовал в Наваринском сражении 8 октября 1827 года. За отличие был награждён Георгиевским крестом и произведён в мичманы. В 1827-1832 годах проходил службу, совершая плавание в Средиземном море, совершенствуя своё морское образование в серьёзной военной обстановке, созданной продолжительными крейсерствами в Архипелаге и участием в блокаде Дарданелл и высадке на Босфоре. В 1837 году был произведён в лейтенанты и назначен командиром парохода «Северная звезда», на котором в том же году совершили плавание по портам Чёрного моря император Николай I с императрицей. С 1845 по 1850 годы находился в распоряжении наместника на Кавказе князя Воронцова, принимая деятельное участие в совместных операциях армии и флота, направленных к покорению Кавказа, 18 ноября 1853 года командуя кораблём «Париж», отличился в Синопской битве, адмирал Нахимов отдал приказ поднять на своём адмиральском корабле сигнал «благодарности» ему, но все фалы были перебиты, так что исполнить приказание не было возможности. За это сражение был произведён в контр-адмиралы. После начала осады Севастополя, был назначен начальником 4-й дистанции оборонительной линии, в которую входил Малахов курган. 7 марта 1855 года 45-летнему адмиралу ядром оторвало голову, когда он возвращался с Камчатского люнета на Малахов курган. Был похоронен в недостроенном соборе Св. Владимира, в центре храма.
4. Карпов Пётр Александрович 08.01.1822 - 21.09.1869 контр-адмирал
Георгиевский кавалер, последний командир легендарного Малахова кургана во время обороны Севастополя, состоял в гарнизоне все 349 дней обороны города. Храбро сражался вместе с последними защитниками Корниловского бастиона, пока не был взят французами в плен, когда «гарнизон почти весь лёг на своём месте, не отступив от орудий…». Находясь в плену на Принцевых островах и в Тулоне во Франции, отказался от перехода на службу в иностранный легион Французской армии. После возвращения из плена в марте 1856 года П. А. Карпов был представлен императору Александру II, которому рассказал обо всех обстоятельствах рокового штурма Малахова кургана. За заслуги в конце обороны Севастополя Карпов произведён в капитаны II ранга. В дальнейшем служил на Балтийском флоте, после отставки много внимания уделял общественной деятельности на благо Севастополя, был избран гласным ялтинского уездного земского собрания и почётным мировым судьёй. 27 августа 1869 года, в день 15-й годовщины окончания обороны Севастополя, контр-адмирал провёл экскурсию по Малахову кургану, будущему императору Александру III. Скончался «в сильных страданиях от катара желудка». Сразу после смерти Карпова Государь император послал Георгиевское знамя, чтобы покрыть им тело севастопольского героя, повелел перевезти останки контр-адмирала на пароходе «Казбек» в Севастополь и похоронить в ещё строящемся соборе святого Владимира в нижнем храме «на счёт Императора», с левой стороны храма.
5. Корнилов Владимир Алексеевич 01.02.1806 - 05.10.1854 вице-адмирал
Георгиевский кавалер, начальник штаба Черноморского флота, герой Крымской войны. Весной 1827 года капитан I ранга М. П. Лазарев включил его в команду 74-пушечного линейного корабля «Азов», направлявшегося в Средиземное море. В Наваринском сражении мичман Корнилов, командовал тремя орудиями нижнего дека. В 1838 году участвовал в высадке десанта на Кавказском побережье, лично разрабатывал план высадки и командовал половиной гребных судов при перевозке десанта с корабля на берег. За отличие при высадке десанта в устье реки Туапсе произведён в капитаны II ранга. В 1839 году участвовал в высадке десанта в устьях рек Субаши и Шахе. В начале Крымской войны командовал отрядом паровых кораблей, 5 ноября 1853 года пароходофрегат «Владимир» под флагом Корнилова атаковал 10-пушечный турецкий пароход «Перваз-Бахри». После трёхчасового боя «Перваз-Бахри» вынужден был спустить флаг. Затем командуя гарнизоном в 7 тысяч человек, он показал пример умелой организации активной обороны, по праву считаясь основоположником позиционных методов ведения войны (непрерывные вылазки обороняющихся, ночные поиски, минная война, тесное огневое взаимодействие кораблей и крепостной артиллерии. Погиб на Малаховом кургане 5 октября 1854 во время первой бомбардировки города. Был похоронен в соборе Св. Владимира, в центре храма.
6. Лазарев Михаил Петрович 03.11.1788 - 11.04.1851 адмирал
Георгиевский кавалер, русский флотоводец и мореплаватель, командующий Черноморским флотом и первооткрыватель Антарктиды. В марте 1819 года получил назначение командовать шлюпом «Мирный», которому предстояло отплыть к Южному полюсу в составе антарктической экспедиции. Принимал непосредственное руководство всеми подготовительными работами. 27 февраля 1826 года был назначен командиром 12-го флотского экипажа и строящегося в Архангельске 74-пушечного корабля «Азов». Командуя им принял участие в Наваринском сражении, сражаясь с пятью турецкими кораблями. Уничтожил их: он потопил два больших фрегата и один корвет, сжёг флагманский корабль под флагом Тагир-паши, вынудил выброситься на мель 80-пушечный линейный корабль, после чего зажёг и взорвал его. Кроме того, «Азов» уничтожил флагманский корабль Мухаррем-бея. За участие в Наваринском сражении Лазарев был произведён в контр-адмиралы и награждён сразу тремя орденами (греческий - «Командорский крест ордена Спасителя», английский - Бани и французский - Святого Людовика), а корабль «Азов» получил Георгиевский флаг, в 1832 году стал начальником штаба Черноморского флота. В феврале - июне 1833, командуя эскадрой, возглавил экспедицию русского флота в пролив Босфор, в результате которой был заключён Ункяр-Искелесийский договор 1833 г.. С 1833 г. главный командир Черноморского флота и портов, военный губернатор Николаева и Севастополя. 6 декабря 1850 года был награждён орденом Св. Андрея Первозванного. Стал наставником таких известных русских флотоводцев как Нахимов, Корнилов, Истомин и Бутаков. Умер в Вене. Похоронен первым в ещё не построенном соборе Св. Владимира, в центре храма.
7. Нахимов Павел Степанович 23.06.1802 - 30.06.1855 адмирал
Георгиевский кавалер, русский флотоводец, герой Севастопольской обороны. В 1827 году отличился в Наваринском сражении, командовал батареей на линейном корабле «Азов», под командованием М. П. Лазарева, в составе эскадры адмирала Л. П. Гейдена. За отличие в сражении 21 декабря награждён орденом св. Георгия IV класса за № 4141 и произведён в капитан-лейтенанты. Во время Крымской войны, командуя эскадрой Черноморского флота, Нахимов в штормовую погоду обнаружил и заблокировал главные силы турецкого флота в Синопе, и, умело проведя всю операцию, разгромил их в Синопском сражении 1853 года. 25 февраля 1855 года назначен командиром Севастопольского порта и временным военным губернатором города. В марте произведён в адмиралы. Энергично руководил обороной города, пользовался величайшим нравственным влиянием на солдат и матросов, звавших его «отцом-благодетелем». 28 июня (10 июля) 1855 года, во время одного из объездов передовых укреплений, был смертельно ранен пулей в голову на Малаховом кургане. Скончался 30 июня 1855 года. Похоронен в ещё не построенном соборе Св. Владимира, в центре храма.
8. Перелешин Павел Александрович 27.06.1821 - 28.02.1901 адмирал
Георгиевский кавалер, ученик адмирала Нахимова, «деятельный помощник адмиралу Истомину в Синопском сражении и при защите Малахова кургана». В 1838-1853 
годах на разных судах флота крейсировал у абхазских берегов, перевозил войска и грузы по черноморским портам, занимался гидрографическими работами. В 1839 г., находясь на линейном корабле «Султан Махмуд», отличился в десантной высадке при взятии местечка Су-баши на Кавказском побережье. В середине 1853 года назначен старшим офицером на 120-пушечный линейный корабль «Париж», которым командовал Владимир Иванович Истомин. 18 ноября 1853 года в составе экипажа участвовал в Синопском сражении, когда артиллерия «Парижа» взорвала 22-пушечный корвет «Гюли-Севид», потопила 64-пушечный фрегат «Низамие», вывела из строя 56-пушечный фрегат «Дамиад» и повредила турецкую береговую батарею № 5. С 13 сентября 1854 года состоял в гарнизоне осаждённого Севастополя, командовал 3-м морским батальоном, сформированным из команд кораблей «Париж» и «Гавриил», и левым флангом 4-го отделения оборонительной линии. 28.03.1855 был контужен в висок, а 26.05.1855 ранен в голову и руку. В день первого штурма укреплений Севастополя, капитан I ранга Перелешин, управляя огнём артиллерии и пехоты, отбил все атаки французов на своём отделении. В 1856-1859 гг. командовал на Балтике судами «Не тронь меня» и «Владимир». 13.08.1873 назначен Севастопольским градоначальником, командиром порта и военным комендантом. 18 ноября 1898 года, в день 45-летия Синопского сражения Высочайшим именным рескриптом Государя Императора Николая II награждён орденом Св. Апостола Андрея Первозванного. Умер в в Санкт-Петербурге. По Высочайшему повелению тело после отпевания 3 марта в столице было перевезено на Николаевский вокзал и отправлено в Севастополь, для погребения в соборе святого Владимира, с правой стороны храма.
9. Саблин Михаил Павлович 17.07.1869 - 12.10.1920 вице-адмирал
Георгиевский кавалер, командующий Черноморским флотом, участник Китайского похода, русско-японской и первой Мировой войн. Будучи офицером на броненосце «Ослябя», участвовал в Цусимском морском бою, получил ранение, был спасён русскими моряками с других кораблей. В 1909-1911 годах начальник 5-го резервного дивизиона миноносцев Чёрного моря. В 1911-1912 годах начальник 3-го дивизиона Черноморской минной дивизии. 6 декабря 1912 года назначен командиром линейного корабля «Ростислав», а в 1914 году зачислен в состав Черноморского флотского экипажа. В декабре 1914 года награждён Георгиевским оружием за участие в боях с немецким линейным крейсером «Гёбен». После Октябрьской революции поступил на службу к большевикам. Затем в силу обстоятельств, 9 апреля 1920 года генерал Врангель назначил его командующим Черноморским флотом и начальником Морского управления Русской армии. Умер в Ялте. По решению Крымского правительства и Верховного Главнокомандующего войсками Юга России барона Врангеля был похоронен в соборе святого Владимира, с левой стороны храма.
10. Тыртов Сергей Петрович 1839 - 1903 вице-адмирал
Командующий Черноморским флотом. В 1855 году участвовал в обороне Кронштадта на канонерской лодке «Осетр». На корвете «Богатырь» совершил кругосветное плавание. Служил в должности старшего офицера монитора «Ураган» броненосной эскадры Балтийского флота. 13 февраля 1871 года назначен старшим офицером броненосной батареи «Не тронь меня». В 1875 году участвовал в гидрографических работах в Анадырском заливе и в первой описи бухты Провидения. Затем обеспечивал работы лейтенанта М. Л. Онацевича по хронометрической связи пунктов побережья Японского моря с японскими и китайскими портами. 30 августа 1883 года назначен командиром броненосного фрегата «Генерал-адмирал» с производством в чин капитана I ранга. 30 ноября 1892 года назначен начальником Тихоокеанской эскадры. 1 января 1894 года произведён в чин вице-адмирала. 13 марта 1895 года назначен командующим объединёнными Тихоокеанской и Средиземноморской эскадрами. 6 мая 1898 года назначен главным командиром Черноморского флота и портов, а также военным губернатором Николаева. Похоронен в соборе святого Владимира, с правой стороны храма.
11. Чухнин Григорий Павлович 23.01.1848 - 29.06.1906 вице-адмирал
Командующий Черноморским флотом. С 1869 по 1876 годы служил на фрегате «Князь Пожарский» и на корвете «Варяг». Хорошо рисовал, знал английский язык. Был старшим офицером крейсера «Азия» (1878—1879), корвета «Аскольд» (1879—1882), клипера «Гайдамак» (с 10 апреля 1882 года), фрегата «Генерал-адмирал» (1882—1886). Командова лканонерской лодкой «Манчжур» (1886—1890), броненосцем береговой обороны «Не тронь меня» (1892), крейсером I ранга «Память Азова» (1892—1896). Побывал в Америке, в Копенгагене, ходил по Средиземному морю. 15 ноября 1905 года жестокого подавил Севастопольское восстание 1905 г. на крейсере «Очаков». 28 июня 1906 года был убит на собственной даче «Голландия» неизвестным боевиком. Убийство было организовано руководителем подпольной боевой организации партии эсеров Савинковым Б. В. 1.07.1906 был погребён в соборе святого Владимира, с правой стороны храма.
12. Шестаков Иван Алексеевич 1820 - 21.11.1888 адмирал
Георгиевский кавалер, российский флотоводец и государственный деятель. Отчисленный из Морского кадетского корпуса в 1836 году, вышел в офицеры флота благодаря участию адмирала М. П. Лазарева, друга его отца. В 27 лет стал командиром тендера «Скорый». В Крымскую войну выступил с инициативой организации крейсерской войны против Англии. В 1863-1864 годах помощник главного командира Кронштадтского порта. Из-за конфликта с управляющим морским министерством Н. К. Краббе вышел в отставку, вернувшись на службу только через 8 лет. В 1872-1881 годах морской агент в Италии и Австро-Венгрии. В 1881-1882 годах - председатель кораблестроительного отделения МТК. В 1882-1888 годах управляющий Морским министерством. Вместе с Г. И. Бутаковым составил первую лоцию Чёрного моря. Выступал с резкой и справедливой критикой кораблестроительных программ, особенно ратуя против «дешёвых» броненосцев береговой обороны. Инициатор введения положения о морском цензе 1885 года. 21 ноября 1888 года, находясь в Севастополе, скончался. Похоронен в соборе святого Владимира, с левой стороны храма.
13. Шмидт Владимир Петрович 15.02.1827 - 12.02.1909 адмирал
Георгиевский кавалер, участник Крымской войны, герой обороны Севастополя, участник Русско-турецкой войны, кампании 1877-1878 гг., старший флагман Балтийского флота. В 1843 году плавал на корабле «Двенадцать апостолов» под командой будущего адмирала Корнилова. Во время Крымской войны, в звании лейтенанта флота на парусном фрегате «Флора» участвовал в сражении с 3 турецкими пароходами у мыса Пицунда в 1853 году. 1 октября 1854 года командуя кораблём «Ростислав» бомбардировал с рейда осадные работы союзников. Затем командир морского батальона № 36 на Малаховом кургане. Четырежды был ранен. За проявленную в боях доблесть был награждён орденом Св. Георгия 4-й степени и золотым оружием — золотым палашом «За храбрость». После войны служил на Балтийском Флоте, командиром винтовой лодки «Домовой». После чего был переведён в Черноморскую флотилию командиром парохода «Скромный» на Николаевском рейде. В 1877 году командирован в Дунайскую армию. Командовал отрядом морских команд в действующей армии. С 8 апреля 1884 года назначен исправлять должность старшего флагмана Балтийского флота. Умер 12 февраля 1909 года в Ревеле. По завещанию похоронен в Севастополе, в соборе святого Владимира, с левой стороны храма.
Полный список погребённых (увековеченных) в храме Св. Владимира г. Севастополя
