20 мая 1938 года, взлетая после промежуточной посадки с аэродрома на о. Ягодник под Архангельском, Самолет Н-212 не выдержал прямую, ушел влево и крепко ударился, после чего бензин вспыхнул, и горящая машина рухнула в воду Северной Двины. Из 16 человек, находящихся на борту, погибли Герой Советского Союза М. С. Бабушкин, бортинженер И. И. Жутовский, бортмеханик К. А. Гурский и врач Е. М. Россельс. Остальные получили ранения.
Все погибшие были похоронены на рядом с аэродромом.
До начала Великой Отечественной войны на о. Ягодник базировался 80-й бомбардировочный Киркенесский Краснознаменный авиационный полк, который участвовал в войне с белофиннами 1939–1940 годов.
После начала войны с Германией на о. Ягодник была сформирована 2-я авиационная группа (2-я АГ) Главного управления Северного морского пути. Ее командиром стал известный полярный летчик – полковник Илья Мазурук. Первоначально в ней насчитывалось всего 16 самолетов различных типов (в основном, летающих лодок), но вскоре она стала пополняться самолетами, переданными из других частей и ведомств. С наступлением полярной ночи условия действия авиации стали более суровыми. Однако и в зимнюю навигацию 1941–1942 годов самолеты авиагруппы вели ледовую разведку и поиск кораблей противника для обеспечения боевых операций кораблей Северного флота. В конце июня 1942 года на аэродроме «Ягодник» базировались 11 американских истребителей Кертис Р-40 – они тоже пришли по ленд-лизу. Их основной задачей было воздушное прикрытие конвоев в Белом море от налетов авиации противника. А в начале июля 1942 года авиация с Ягодника принимала участие в операции по поиску и сопровождению судов из разгромленного конвоя PQ-17, которые самостоятельно добирались до советских портов после получения команды на рассредоточение. Гидросамолеты 2-й авиагруппы вели поиск судов конвоя в районе архипелага Новая Земля, а истребители Пе-3 ВВС Северного флота прикрывали с воздуха уцелевшие транспорты на пути их следования в Белое море. Отсюда же в 1944 году взлетали английские «Ланкастеры», тяжелые бомбардировщики, для участия в операции «Параван», главной целью которой стал немецкий линкор «Тирпиц». Стоит добавить, что именно эта попытка поразить морского гиганта (а их предпринималось 14) удалась – в ходе атаки «Тирпиц» получил пробоину и был выведен из строя до конца войны. А всего за годы войны авиация флотилии, в том числе базировавшейся на аэродроме острова Ягодник, совершила свыше 7 000 самолетовылетов на обеспечение движения конвоев в своей операционной зоне. Она также решала задачи воздушной разведки и борьбы с подводными лодками. Так, в 1943 году было совершено 658 вылетов, в 1944-м – 905 вылетов, а в 1945-м – 259 вылетов на разведку акватории Белого моря.
