В июле 1918 года для препятствования кораблям английских интервентов Губернский комитет разработал план перекрытия фарватера. 1 августа ледокол «Святогор» был затоплен вблизи устья реки Чижовка (проток 64°45′01″ с. ш. 40°27′48″ в. д. между островами Лысунов и Реушинский в дельте Северной Двины).
Корабль сел на мель, оставались видны трубы и часть корпуса. Интервенты всё же захватили город, а участвовавших в затоплении арестовали и расстреляли (командир «Святогора» Николай фон Дрейер, старшина кочегаров и председатель судового комитета Терёхин А. А., матросы Бабурин П. А., Григорьев И. А., Даниленко П. Е., Ларнонов В. В., Мальцев А. А. Команда «Святогора» увековечена на табличках на памятнике Обелиске Жертвам интервенции 1918-1920 годов 64°32′06″ с. ш. 40°30′53″ в. д.). Спустя несколько дней судно подняли и использовали в работе порта.