Инкерманское сражение произошло 24 октября (5 ноября) 1854 года во время Крымской войны, русские войска численностью 19 000 человек под командованием генерала Соймонова атаковали позиции англичан (около 8 тысяч человек) на участке 2-й пехотной дивизии с целью срыва генерального штурма Севастополя.
После сражения на Альме 8 (20) сентября союзники получили шанс атаковать Севастополь с севера, однако их командующие маршал Сент-Арно и лорд Раглан не решились на такую атаку, а начали марш в обход города для его атаки с юга. Англичане вышли к балаклавской бухте и создали базу в Балаклаве, а французы проследовали дальше, базируясь на Камышёвой бухте. Заболевшего холерой маршала Сент-Арно на посту командующего сменил генерал Канробер. Меньшиков вывел основную часть армии из Севастополя, оставив гарнизон для его обороны.
Союзники повели осаду Севастополя, после прибытия 10-й пехотной дивизии Ф. И. Соймонова и 11-й пехотной дивизии Меньшиков решил атаковать правый фланг англичан со стороны Чёрной Речки, что привело к сражению у Инкермана.
24-го октября 1854 года вблизи храма Св. Климента погребены в братской могиле павшие в Инкерманском сражении.
По окончании войны здесь у братской могилы поселился рядовой матрос 32-го флотского экипажа Никита Андреев Коновченко—участник обороны Севастополя. Он посвятил остаток своей жизни заботливости о братской могиле, устроил, с помощью таких же как он бывших бойцов за Севастополь, ограду, поставил крест, а затем стал собирать посильные средства на сооружение часовни на могиле и на восстановление забытого пещерного храма. Заветным его желанием было, чтобы ежегодно, во все времена, 24-го октября—день Инкерманской битвы — у часовни была совершаема панихида по убиенным за Веру, Царя и Отечество, а в храме приносилась бы жертва бескровная «о мире всего мира».
В 1872 г. Коновченко умер и был погребен на том-же братском кладбище рядом с боевыми своими товарищами.
Часовня была сооружена уже после его смерти в 1886 году Инкерманской киновией на деньги, собранные им с добавлением собранных киновией.
В 1903 г., по докладе Августейшим Председателем Комитета по восстановлению памятников Севастопольской обороны, Великим Князем Александром Михайловичем,- Государь Император соизволил приказать восстановить этот храм, как памятник над могилой павших в Инкерманском бою.